一、团队介绍

中国农业科学院（深圳）农业基因组研究所（简称“基因组所”）程时锋团队主要从事植物比较进化基因组学、作物群体遗传学、及关键性状遗传解析等研究工作。发起和主持全球“谷-豆”基因组国际联盟协助组（http://www.g3rp.com/），并建立以“小麦”和“豌豆”为标杆的禾本科及豆科模式研究对象。在围绕“植物是如何获得新性状及其遗传演化分子机制解析”这一科学问题中，从物种水平(Phylogenomics)、群体水平(Population Genetics)、以及关键表型性状的泛组学等不同时空维度的策略中展开研究工作，建立起了植物trait-based的进化基因组学研究方法、作物群体gene-trait关联和连锁基因发现和解析体系。

主要课题包括：（1）“谷-豆”国际基因组联盟计划（http://www.g3rp.com/）下的禾本科作物和豆科豆类比较基因组和群体基因组；（2）结瘤生物固氮分支N2-fixing Root Nodule Symbiosis祖先新性状起源与多样性演化的基因表达表观调控机制；（3）C4高光合大规模比较进化基因组学，及其起源和平行演化的分子机制。并陆续开展基因组大数据指导下的、围绕地方适应性、氮/碳藕联和高效等方面的作物新品种选育、培育等分子育种及应用工作。团队先后参与完成了多个重大项目，相关研究成果以第一或通讯作者(含共同)发表在Science（2篇）、CELL、Nature Biotechnology、Plant Cell等杂志10篇，共发表SCI论文40余篇，他引10000余次。多篇文章被F1000重点推荐，多次主持国际学术研讨会并作报告。目前拥有团队成员15名，主要来自计算机科学、基因组学、生物信息学、植物分子生物学、进化与群体遗传学等多个学科。

二、招聘需求

1. 植物进化基因组、多组学和群体遗传信息大数据分析科研助理3名；

2. 生物信息学算法开发博士后1名；

3. 生物信息学算法开发工程师1名；

4．田间育种专员2名。

研究工作包括：

1．生信分析或算法/工具开发

（1）基因组功能元件、序列模型预测深度学习算法、流程开发；

（2）植物大规模系统比较进化基因组学方法构建；

（3）开发群体遗传学单倍型多样性挖掘及基因发现新方法；

（4）开发群体基因组大的结构性变异(pan-sv)、泛基因(pan-genome)、以及基于变异矩阵的全基因组关联分析（GWAS）方法；

（5）利用深度学习等算法整合基因大数据，开发表征量化可视化方法，开发数据库，建设网站在线分析工具。

2．田间育种专员
（1）作物田间实验设计、规划和管理；

（2）作物表型鉴定、组织/核酸/材料提取等样本文库制备。

三、申请条件

1. 科研助理

（1）985/211本科毕业，生物信息学或计算机专业；

（2）熟练使用Linux系统，至少熟练掌握Perl、Python、R、C/C++、JAVA等语言中的两种；

（3）有相关计算机、生物信息工作经验或以第一作者发表文章者优先。

2. 博士后

（1）博士学位，数学、计算机科学、数理统计、生物信息学、物理学、基因组学等相关专业；熟练使用Linux系统，至少熟练掌握Perl、Python、R、C/C++、JAVA等语言中的两种；

（2）勤于思考，能独立开展课题研究，学术态度严谨，善于团队合作；

（3）良好的沟通能力和中英文科技写作能力；

（4）不超过35周岁，近3年在国际学术刊物以第一作者发表过或即将发表SCI论文。

3. 田间育种专员

（1）硕士及以上学历，育种相关专业，具有作物（小麦优先）育种相关的理论知识；

（2）1年以上从事作物育种的工作经验，如作物品种的选育；

（3）具有一定的计算机运用能力，能独立完成相关数据收集、录入和分析；

（4）工作认真，有责任感，执行力强，工作效率高；良好的沟通能力和团队协作能力；

（5）英语写作和口语优秀者，优先考虑。

四、申请方式

申请者请将个人简历（包含教育经历、研究经历、论文发表）、代表作和研究意向以电子邮件形式发送至：chengshifeng@caas.cn，邮件主题和材料压缩文件请注明“姓名+申请职位名称+高校人才网”。我们会仔细分析并保密所有申请资料，并在收到申请的一个月内与初审合格者电话或E-mail联系，安排面试；资格审查未通过者，不再另行告知。

五、工作地点

深圳。

六、待遇

1.博士后

在站期间享受深圳市和大鹏新区的在站博士后生活补贴，共计税后60万元。

按照研究所的相关规定提供博士后的工资、五险一金和绩效待遇。

博士后人员进站后，可选择落户深圳市，其配偶及未成年子女可办理随迁入户，并且享受深圳市和大鹏新区的新引进人才生活补贴，共计税后6万元。

博士后在站期间鼓励申报中国博士后基金、国家自然科学青年基金，项目结题且出站后留深工作的可认定为深圳市后备级高层次人才，奖励160万，若在大鹏新区工作，另有1:1配套补贴。

2.科研助理、田间育种专员

薪资待遇面议，相关社会保险及公积金按照深圳市有关规定执行。

七、程时锋代表性论文

1. Cheng S*, Xian W, Fu Y, et al. Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution. Cell, 2019, 179(5): 1057-1067. e14.

2. Griesmann M, Chang Y, Liu X, et al. Cheng S†. Phylogenomics reveals multiple losses of nitrogen-fixing root nodule symbiosis[J]. Science, 2018, 361(6398): eaat1743.

3. Cheng S*, Melkonian M, Smith SA, et al. 10KP: A phylodiverse genome sequencing plan. Gigascience. 2018;7(3):1–9.

4. Cheng S*, Gutmann B, Zhong X, et al. Redefining the structural motifs that determine RNA binding and RNA editing by pentatricopeptide repeat proteins in land plants. Plant J. 2016;85(4):532–547.

5. Lin S, Cheng S*, Song B, et al. The Symbiodinium kawagutii genome illuminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science. 2015;350(6261):691–694.

6. Cheng S*, van den Bergh E, Zeng P, et al. The Tarenaya hassleriana genome provides insight into reproductive trait and genome evolution of crucifers. Plant Cell. 2013;25(8):2813–2830.

7. Zhang, G., Liu, X., Quan, Z. Cheng S*. et al. Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential. Nat Biotechnol 30, 549–554 (2012).