中国科学院神经科学研究所成立于1999年，作为推动新千年基础科学研究的重要战略步骤和作为知识创新工程中的一个试点，研究所致力于神经科学基础研究的各个领域。2009年至今，是获得中科院稳定支持的唯一单位。2014年依托研究所成立“中国科学院脑科学卓越创新中心”，是中科院首批4个卓越中心之一；2015年6月扩展为“中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心”，成为国际上第一个脑科学与类脑研究交叉融合的科研机构。研究所现有41个独立的研究组，研究员及正高级工程技术人员44人，中国科学院院士3人，全所在职职工和研究生共计600余人。
研究所成立以来，独立承担科技部973计划2项（结题验收为优秀），牵头承担重大科学问题导向项目1项，重大科学研究计划若干项；牵头承担中国科学院战略性先导专项“脑功能联结图谱与类脑智能研究”（2017年结题）、2018年获升级版支持。拥有国家自然科学基金委员会创新研究群体2个（1项获三期延续支持），杰出青年基金获得者11人。成立至今，获得国家自然科学二等奖2项，中国科学院杰出科技成就奖（集体）1项，两项成果入选“中国科学十大进展”。自2001年起，以通讯作者单位在Science、Cell等顶尖杂志发表国内神经科学领域第一篇论文，发表的论文占我国神经科学领域目前在顶级期刊发表的论文一半以上。2017年11月，中科院神经科学研究所成功攻克了体细胞克隆猴这一世界性难题，为建立脑图谱研究工具猴和脑疾病模型猴提供了核心技术，为我国科学家在“全脑介观神经联接图谱”国际大科学计划中取得主导地位奠定了基础。
研究所拥有优良的实验环境和支撑条件，依托神经科学研究所的神经科学国际重点实验室（2009年成立）在科技部2012、2017两次五年评估均为我国所有神经科学相关国家重点实验室中居首位。研究所建有光学成像平台、电镜技术平台、分子细胞技术平台、脑影像中心等公用平台、非人灵长类研究平台（苏州和上海九亭），已发展为国际著名、体量水平为国内领先的神经科学研究平台；研究所以克隆猴技术为先导，正在上海松江建立“G60脑智科创基地”、“国际灵长类脑研究中心”、“上海脑科学与类脑研究中心（松江基地）”和“中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（上海松江）”等研究单元，承接国家创新2030重大科技项目“脑科学与类脑研究（中国脑计划）”，为松江建设成为长三角地区脑科学与智能领域新高地、以及上海建设成为全球影响力的科创中心做出贡献。
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